À Rouen, une bactérie inconnue du microbiote étudiée pour ses effets anti-inflammatoires

Une bactérie jusque-là inconnue a été isolée du microbiote intestinal humain à Rouen. Baptisée Pilosibacter rotomagensis, en référence à Rotomagus, le nom antique de la ville, elle intéresse surtout les chercheurs pour une autre raison : elle produit du butyrate, un métabolite du microbiote intestinal. L’équipe de l’UMR1073 ADEN qui l’a caractérisée explore déjà ses propriétés anti-inflammatoires.

La découverte a été publiée dans Current Microbiology. Les analyses génétiques montrent que la souche HC1M1C21 appartient bien au genre Pilosibacter mais constitue une espèce distincte de ses parentes connues. Surtout, la publication la décrit comme une bactérie productrice de butyrate. Cet acide gras à chaîne courte nourrit notamment les cellules du côlon et participe au fonctionnement de la barrière intestinale.

L’intérêt de l’expérience tient aussi à la méthode. Les grandes analyses génétiques du microbiote permettent de repérer les microorganismes présents dans l’intestin, mais pas toujours de savoir précisément ce qu’ils fabriquent. Isoler une bactérie et réussir à la cultiver permet d’étudier directement son comportement. Pilosibacter rotomagensis est strictement anaérobie : sa culture exige donc un environnement sans oxygène. L’UMR1073 dispose précisément d’une enceinte permettant de travailler avec ces microorganismes en atmosphère contrôlée.

À Rouen, les travaux ne se sont pas arrêtés à l’identification de l’espèce. La souche fait l’objet d’une demande internationale de brevet déposée par l’Université de Rouen Normandie, l’Inserm et le CHU de Rouen. Sa priorité remonte à novembre 2024, avant la publication scientifique de 2026. Le brevet décrit des expériences où les produits libérés par la bactérie atténuent certaines réponses inflammatoires de cellules intestinales. Dans un modèle de colite provoquée chez la souris, les animaux ayant reçu la souche présentent également une concentration sanguine de TNFα, une molécule associée à l’inflammation, significativement inférieure à celle des souris témoins atteintes de colite.

Ce résultat situe assez précisément la maturité de la découverte. Le brevet envisage notamment la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique parmi les applications possibles, mais aucune efficacité chez des patients n’a été démontrée. Pour passer d’une bactérie intéressante en laboratoire à une biothérapie, il faudrait encore établir sa sécurité et son efficacité chez l’humain, puis résoudre les contraintes de production et de conservation d’un microorganisme qui vit sans oxygène.

L’UMR1073 étudie précisément les relations entre nutrition, microbiote et inflammation, et coordonne notamment le projet ANR SUMONING consacré aux molécules produites par le microbiote capables de modifier les réponses inflammatoires intestinales. Pilosibacter rotomagensis en est désormais un objet d’étude bien concret : une bactérie humaine inconnue, cultivée à Rouen, dont les effets anti-inflammatoires restent à démontrer chez l’humain.