Dans les eaux usées collectées par une station d’épuration de l’agglomération parisienne, des chercheurs ont identifié 27 types de papillomavirus humains (HPV). Leur étude, publiée le 21 septembre 2026 dans JAMA Network Open, montre qu’il devient possible de suivre la diversité de ces virus à l’échelle d’une population entière, sans se limiter aux personnes qui participent au dépistage.
Les papillomavirus sont surtout connus pour leur rôle dans le cancer du col de l’utérus, mais ils peuvent aussi provoquer d’autres cancers, notamment de l’anus ou de la gorge. Ils circulent chez les femmes comme chez les hommes, souvent sans symptômes. Or le dépistage classique, conçu pour prévenir le cancer du col, ne donne qu’une image partielle des infections.
Des virus inattendus dans les prélèvements
L’équipe de Pauline Michon et Vincent Maréchal, à Sorbonne Université, a analysé 100 échantillons prélevés entre janvier 2024 et janvier 2025 dans une station desservant environ un million d’équivalents-habitants.
De l’ADN de papillomavirus apparaît dans tous les prélèvements. Sur les 28 génotypes recherchés, 27 sont détectés, avec une médiane de six par échantillon.
Certains résultats surprennent. Les HPV-39 et HPV-56, deux types à haut risque cancérogène que les vaccins actuels ne ciblent pas directement, sont retrouvés respectivement dans 72 % et 58 % des prélèvements. Les HPV-16 et HPV-18, responsables d’une grande partie des cancers du col et ciblés par les vaccins, apparaissent dans 21 % et 5 % des échantillons.
Ces proportions ne représentent pas le nombre de personnes infectées. Les virus ne sont pas tous rejetés dans les eaux usées de la même manière, et leur ADN peut provenir de différents sites d’infection. Impossible donc d’en déduire que certains génotypes seraient devenus plus répandus que d’autres chez les Parisiens, ou que la vaccination serait moins efficace.
Mais les analyses révèlent une diversité que les données cliniques décrivent imparfaitement. Elles permettent aussi d’observer comment le signal de chaque type de virus évolue au fil des mois.
Une surveillance possible, à condition de prélever assez souvent
Les papillomavirus avaient déjà été détectés dans les eaux usées. Les chercheurs ont ici combiné des tests adaptés aux faibles quantités d’ADN viral, capables de distinguer les génotypes, et des prélèvements répétés pendant un an.
Ils ont également testé ce qui se passerait avec moins de prélèvements. Selon leurs simulations, un prélèvement mensuel pourrait laisser échapper jusqu’à 17 génotypes, contre cinq avec deux prélèvements par semaine. Un suivi hebdomadaire paraît offrir un compromis intéressant.
Cette méthode pourrait aider à suivre l’évolution des génotypes au fil des campagnes de vaccination, sans dépendre uniquement des personnes qui consultent ou participent au dépistage.
Elle ne remplace toutefois aucun examen médical : un signal dans les égouts ne permet ni de diagnostiquer une infection ni de calculer sa prévalence.
Après les égouts parisiens, les campus de la Sorbonne
Sorbonne Université veut maintenant tester cette approche sur ses campus avec le projet IMPACT-HPV, détaillé le 27 octobre. Le dispositif OBEPINE+, auquel participent les chercheurs, souhaite explorer la détection des HPV dans les eaux usées universitaires.
La transposition reste à démontrer. Une méthode qui a fonctionné dans une station desservant une vaste population ne produit pas nécessairement un signal aussi exploitable à l’échelle universitaire.
Le projet associe également des sociologues, chargés d’étudier les connaissances et les attitudes des étudiants face aux infections sexuellement transmissibles, et le service de santé étudiante, qui constate une couverture vaccinale insuffisante.
Une journée de vaccination gratuite est prévue en 2027 sur le campus Pierre-et-Marie-Curie, à Jussieu, avec un objectif d’environ 100 premières doses.
À Jussieu, la vaccination est programmée pour 2027 ; dans les eaux usées des campus, les chercheurs devront encore établir si les traces de HPV sont suffisamment exploitables pour aider à orienter la prévention.