Biodiversité : pourquoi le train figure parmi les dépenses nuisibles de l'État

Une nouvelle ligne de train peut réduire la circulation automobile et les émissions de CO₂. Pourtant, le gouvernement français classe 1,1 milliard d’euros de dépenses consacrées à la construction de nouvelles lignes ferroviaires parmi les dépenses dommageables à la biodiversité. Dans le même inventaire figurent 1,7 milliard d’euros d’avantages fiscaux sur les carburants agricoles et 900 millions d’euros pour les nouvelles routes.

Ces chiffres apparaissent dans une stratégie publiée le 26 octobre par le ministère de la Transition écologique. L’État y recense 10,8 milliards d’euros de dépenses jugées nuisibles à la biodiversité en 2026, réparties entre 88 dispositifs. Il prévoit de réduire ce montant de 16 % d’ici 2030 par rapport à 2025, pour atteindre 9,5 milliards d’euros.

Le paradoxe ferroviaire révèle toute la difficulté de l’exercice : une dépense peut contribuer à résoudre un problème environnemental tout en aggravant un autre. Et supprimer une ligne budgétaire ne revient pas nécessairement à supprimer les dégâts qu’elle accompagne.

Pourquoi une ligne de train peut-elle être nuisible à la biodiversité ?

Une infrastructure ferroviaire peut remplacer des déplacements en voiture ou en camion. Mais sa construction consomme de l’espace, fragmente les habitats naturels et peut interrompre les déplacements des animaux.

La méthode du « budget vert » distingue donc les investissements dans les réseaux existants, généralement considérés comme non dommageables, de la construction de nouvelles infrastructures sur des terrains naturels, agricoles ou forestiers. Cette dernière catégorie est jugée défavorable à la biodiversité.

La distinction concerne aussi le logement. Construire sur une ancienne friche et urbaniser une prairie ne produisent pas les mêmes conséquences écologiques.

Selon le Cerema, la France a consommé 15 119 hectares d’espaces naturels, agricoles ou forestiers en 2024. L’habitat représente environ les deux tiers des surfaces consommées sur la période 2011-2025, contre 7 % pour les infrastructures. La préservation des sols dépend donc de décisions comme l’emplacement des logements, la réutilisation des bâtiments ou le tracé des infrastructures.

Le classement budgétaire constitue néanmoins une mesure imparfaite. Il attribue aux dépenses une appréciation qualitative, favorable, neutre ou défavorable, selon différents critères environnementaux. Il ne mesure ni la superficie détruite par chaque euro dépensé, ni la gravité des dommages causés aux espèces, ni les bénéfices éventuels obtenus ailleurs.

Un milliard consacré à une nouvelle infrastructure ne représente donc pas un milliard d’euros de dégâts écologiques.

Le gouvernement reconnaît cette limite. Il prévoit de revoir sa méthode d’évaluation des infrastructures pour mieux intégrer les impacts effectifs des projets, leurs mesures de protection et les bénéfices du report de la route vers le rail.

Des milliards d’avantages fiscaux qui diminueraient sans être supprimés

L’autre grande famille de dépenses concerne les carburants et les combustibles fossiles : 4,6 milliards d’euros en 2026, principalement sous forme d’avantages fiscaux.

Ces dispositifs réduisent le prix du carburant pour certaines activités économiques. Ils soutiennent notamment les agriculteurs, les transporteurs routiers ou les taxis, mais encouragent aussi le maintien d’une consommation d’énergies fossiles.

La suppression de ces avantages pose de véritables questions économiques. Augmenter brutalement le coût du gazole agricole fragiliserait davantage certaines exploitations. Les transporteurs routiers doivent disposer de véhicules alternatifs et des infrastructures nécessaires pour les utiliser.

La stratégie gouvernementale privilégie donc deux moyens de diminuer les dépenses dommageables : réformer les aides et transformer les activités qui en bénéficient.

L’exemple des taxis illustre une subtilité importante. Lorsqu’un taxi diesel est remplacé par un véhicule électrique, son propriétaire cesse de bénéficier de la fiscalité réduite sur le gazole. La dépense fiscale baisse automatiquement, même si l’exonération reste inscrite dans la loi.

Une telle évolution peut représenter un véritable progrès environnemental. Mais elle peut également faire apparaître une amélioration comptable qui résulte de politiques déjà engagées.

Le gouvernement prévoit ainsi que la réduction de 16 % découlera notamment de l’électrification des usages, de la baisse de consommation d’énergies fossiles et de l’extinction programmée de certains dispositifs fiscaux, comme les anciens avantages accordés à l’investissement locatif neuf.

La suppression progressive de la fiscalité réduite sur le gazole des transporteurs routiers est elle-même déjà prévue par la loi climat et résilience, sous réserve de la disponibilité des alternatives, à l’horizon 2030.

Le dossier gouvernemental ne chiffre pas séparément la contribution des réformes nouvelles et celle de ces évolutions déjà programmées. Il est donc impossible, à ce stade, de déterminer quelle part de la réduction annoncée traduira un changement supplémentaire de politique publique.

Quelles aides faut-il vraiment réformer ?

Cette difficulté explique une divergence remarquable entre les administrations chargées d’examiner les subventions.

En 2025, l’Inspection générale des finances et l’Inspection générale de l’environnement ont identifié, dans cinq secteurs économiques, 37 milliards d’euros de financements méritant un réexamen, dont 20 milliards en priorité. Ces montants comprennent des aides associées à des pratiques dommageables, mais aussi des financements dont les effets sur la biodiversité restent insuffisamment documentés.

Le Conseil général de l’alimentation, de l’agriculture et des espaces ruraux a examiné, de son côté, 33,3 milliards d’euros de dépenses publiques dans l’agriculture, la forêt, la pêche et l’aquaculture.

Il a retenu une méthode plus restrictive : une aide est considérée comme dommageable lorsqu’elle incite son bénéficiaire à adopter un comportement nuisible qu’il n’aurait pas adopté de la même façon sans cette aide.

Sur ce périmètre, il n’a ainsi identifié que 1,3 milliard d’euros de subventions dommageables.

Les secteurs examinés et les critères de classement diffèrent, mais le désaccord méthodologique est fondamental. Une aide au revenu agricole peut soutenir une exploitation dont les pratiques dégradent la biodiversité, sans être nécessairement la cause de ces pratiques. La supprimer pourrait réduire le revenu de l’agriculteur sans modifier ses méthodes de production.

À l’inverse, une fiscalité qui rend systématiquement le gazole moins cher peut contribuer à prolonger sa consommation.

La distinction ouvre des possibilités de réforme plus précises : conditionner les soutiens à des pratiques moins dommageables, financer la modernisation des infrastructures existantes ou favoriser la rénovation des bâtiments plutôt que l’occupation de nouveaux terrains.

Ces choix ont aussi leurs limites. Construire des logements reste indispensable dans certains territoires. De nouvelles voies ferrées peuvent rendre possibles des déplacements moins polluants. Une politique efficace doit comparer ces bénéfices aux atteintes écologiques réellement provoquées.

Le gouvernement a raison de vouloir rendre visibles les contradictions de ses propres dépenses. Mais son objectif de 9,5 milliards d’euros en 2030 constitue d’abord un indicateur budgétaire. Il faudra également mesurer les surfaces naturelles préservées, les pressions écologiques réduites et les pratiques effectivement transformées.

En 2030, une dépense pourra avoir disparu de la colonne rouge parce qu’un taxi roule à l’électricité, parce qu’un avantage fiscal a expiré ou parce qu’un chantier a été abandonné. Trois résultats comptables semblables, trois histoires écologiques très différentes.