Virus Shamonda : un premier cas humain en France, des veaux malformés redoutés cet hiver

Dans le sud du Japon, quinze veaux nés entre décembre 2015 et avril 2016 présentaient de graves malformations. Six étaient mort-nés. Les vétérinaires ont identifié une infection survenue pendant la gestation, liée à un virus transmis par de minuscules moucherons : Shamonda.

Dix ans plus tard, ce même virus vient d’être détecté pour la première fois chez un être humain, en France. Mais il circule aussi dans les élevages de douze pays européens et à Jersey. Les conséquences de cette vague d’infections pourraient encore se manifester cet hiver, au moment des naissances.

Jeudi 22 octobre, les autorités sanitaires françaises ont annoncé qu’un patient gravement immunodéprimé, hospitalisé aux Hospices civils de Lyon pour une maladie grave, avait été infecté par Shamonda. Il est décédé début octobre. Les médecins jugent très probable que le virus ait contribué à ses complications cérébrales, sans pouvoir établir précisément son rôle dans le décès.

La contamination aurait eu lieu dans l’Est de la France, par une piqûre de moucheron du genre Culicoïdes. Cette hypothèse reste à confirmer. Aucun autre cas humain n’a été documenté et aucun signal de transmission entre personnes n’a été observé. Les autorités n’identifient actuellement aucun risque sanitaire pour la population générale.

Au Japon, des veaux aux articulations déformées

Le précédent japonais donne une autre dimension à cette découverte.

Dans une étude publiée en 2017 dans la revue Emerging Infectious Diseases, des chercheurs ont décrit quinze veaux présentant des malformations congénitales après une exposition au virus Shamonda pendant leur développement dans l’utérus.

Douze avaient des articulations anormalement fixées, onze présentaient une déformation de la colonne vertébrale. Les examens ont également révélé des lésions du système nerveux. Chez sept veaux, les chercheurs ont retrouvé du matériel génétique du virus dans les tissus nerveux.

Les quinze animaux possédaient des anticorps contre Shamonda. Les analyses n’avaient pas identifié d’anticorps contre plusieurs autres virus connus pour provoquer des malformations similaires.

L’ensemble établissait un lien solide entre l’infection pendant la gestation et les anomalies observées. Les chercheurs concluaient que Shamonda devait être considéré comme un virus susceptible de provoquer des malformations chez les ruminants.

L’étude portait toutefois sur quinze veaux déjà malformés. Elle ne permettait pas de calculer la proportion de grossesses infectées qui se terminent par une naissance anormale.

En Europe, une maladie discrète dont le bilan reste ouvert

L’arrivée de Shamonda dans les élevages européens, durant l’été 2026, donne une importance nouvelle à ces observations.

Chez les bovins adultes, l’infection provoque généralement une fièvre passagère, des diarrhées et une baisse de production laitière. Le ministère français de l’Agriculture juge jusqu’ici son impact globalement faible dans les exploitations touchées.

La situation peut être différente pour les femelles gestantes. Le virus peut passer de la mère au fœtus et perturber son développement, notamment celui du système nerveux et des muscles. Une infection dont la mère se remet rapidement peut ainsi avoir des conséquences durables sur le petit.

En Suisse, l’Institut de virologie et d’immunologie a déjà retrouvé Shamonda dans des fœtus bovins avortés. L’Organisation mondiale de la santé animale signale également des avortements et de graves malformations fœtales parmi les troubles rapportés pendant les épisodes européens de 2026.

L’ampleur de ces atteintes reste inconnue. Deux variants du virus circulent actuellement en Europe, et leurs effets sur la reproduction sont encore insuffisamment caractérisés. Le précédent japonais démontre un potentiel de malformations, mais ne permet pas de prédire combien d’animaux européens pourraient être touchés.

Pourquoi les naissances de l’hiver seront décisives

Le calendrier de Shamonda présente une particularité : la circulation du virus peut diminuer avant que toutes ses conséquences deviennent visibles.

Les moucherons qui le transmettent sont surtout actifs du printemps à l’automne. Avec le refroidissement, leurs piqûres se raréfient et les nouvelles infections reculent.

Chez une vache contaminée pendant sa gestation, les conséquences éventuelles sur le fœtus peuvent apparaître plusieurs mois plus tard. Les naissances révèlent alors des dommages survenus pendant l’été, parfois sans que la mère ait présenté de symptômes marquants.

En Suisse, près de 200 cas positifs avaient été recensés dans 22 cantons à la mi-octobre. Les laboratoires constataient déjà une diminution des infections aiguës chez les adultes, tandis que des prélèvements provenant de fœtus avortés continuaient de révéler le virus.

Les autorités vétérinaires françaises recommandent également de surveiller les avortements et les nouveau-nés présentant des anomalies. Aucun vaccin contre Shamonda n’est actuellement disponible. La prévention repose sur la réduction de l’exposition des troupeaux aux moucherons.

Pour les chercheurs, le suivi des prochaines naissances permettra de mieux mesurer les conséquences des infections européennes et de préciser les effets des variants récemment identifiés.

En Suisse, les analyses gratuites portent désormais sur les fœtus avortés et les jeunes animaux malformés ou malades, plutôt que sur les bovins adultes.